正当孙中山准备重整旗鼓，把革命队伍重新组织起来的时候，却与保皇派发生了激烈的斗争和交锋。同盟会成立后，革命派集中力量与资产阶级改良派展开了一场大辩论。这是继戊戌变法以来，中国近代史上又一次资产阶级性质的思想解放运动。

    这次大辩论以《民报》的创刊为正式发端。1905年11月出版的《民报》第1号，除孙中山的《发刊词》从正面阐发了同盟会的革命纲领外，其余文章大多是从不同角度对保皇派进行批判。1906年4月28日，《民报》作为“第三号号外”单独印行《〈民报〉与〈新民丛报〉辩论之纲领》，正式揭开革命派和保皇派之间大论战的序幕。

    以孙中山为首的革命派和以康有为、梁启超为首的保皇派关于民主革命的辩论，实际上从1901年义和团运动失败以后就开始了。从1905年秋同盟会的成立及其机关刊物《民报》的问世，辩论才达到全面决战的火候。革命派和保皇派分别以《民报》和《新民丛报》为主要阵地，外内外20余家报刊先后投入论战，从1905年至1907年，辩论持续了两年之久。

    革命派和保皇派辩论的核心是——中国往何处去？内容涉及很广，但实际上主要是围绕孙中山提出和阐发的同盟会纲领进行的，即集中在要不要以暴力推翻清王朝的统治，要不要建立资产阶级民主共和国，要不要改变封建土地制度三个方面的问题上。

    在要不要以暴力推翻清政府的问题上，保皇派蓄意抹杀清政府对内残酷镇压、对外投降卖国的客观事实，美化清政府的统治；危言耸听地宣传革命不仅要造成连年战争，血流成河，而且会招惹帝国主义的干涉，导致“灭亡中国”的惨祸。革命派以无可辩驳的历史事实，批判了保皇派为清政府辩护、诽谤攻击民族革命的种种荒谬论调，揭露清王朝对内进行严酷的民族压迫和阶级压迫，对外奉行屈膝投降的卖国政策，结果把中国搞得四分五裂，鲜血淋漓。革命派义正词严地宣布：为了国家的独立和民族的解放，为了人民的自由和社会的进步，就必须以暴力革命的手段推翻反动卖国的清政府。

    在要不要建立资产阶级共和国的问题上，保皇派认为，中国不仅不能实行民主共和，甚至也不可以立即实行君主立宪，而只能先实行开明专制，中国社会必须由君主专制的“据乱世”，经过君主立宪的“升平世”，然后才能进入民主共和的“太平世”。革命派阐明推翻封建专制制度，建立资产阶级共和国是大势所趋，人心所向，相信中国人民有能力建设一个民主共和国。革命派在广泛宣传民主共和思想的同时，进一步划清了革命与保皇的界限。

    在要不要改变土地制度即要不要实行社会革命的问题上，保皇派明显地站在封建地主阶级的立场上，美化封建土地制度所有制。革命派坚持社会革命不仅可能与政治革命并行，而且应该与政治革命并行，阐明了改变封建土地所有制的重要性和积极作用。